本校創立於1948年,原名為'Pioneer Church Elementary School'(譯名:先導教會小學),旨在提供小學教育予當時成立了十年之先導紀念堂的教友子弟學生人數僅為九人。1949年,小學教育需求顯得迫切,學校於同年九月改名為'Sam Yuk Primary School'(譯名: 三育小學),肩負了收容此類學童之使命。據資料所載,1952年就讀於本校之學生已躍至300人。 隨著中學教育需求增加,1953年6月學校升格至初中程度,並列為「基督復臨安息日會港澳區會」名下之機構, 成為政府教育司署正式註冊之學府。本校名稱亦改為'Sam Yuk Middle School , Happy Valley Branch'(譯名: 三育中學,愉園分校)。 而新校舍亦於1954年落成。

1963年, 本校慶祝15週年校慶,正式改名為 Hong Kong Sam Yuk Secondary School'(香港三育中學),並成為一所政府資助的私立中學,全校收生人數達至高峰,且於香港仔成立了一所分校,當時兩所學校之總收生人數逾1000名。

七十年代確實是較艱苦的年代,為配合當時政府推行之免費教育政策,多所新校落成,引來了很大的競爭,本校招生數字因而下降,及後香港仔分校亦與母校合併。

八十年代帶來了很大的轉變,校方經多次與教育署商討後,協議將學校改為一所'Caput Grant School'(按額津貼中學),此改變使學校在經濟上得到很大的支援,繼而達到多方的改善。

九十年代乃中英交接的年代,政府對教育政策亦不斷更新。學校為配合轉變,於年前縮減班級數目,騰出空間改善學校設施,並於1993年開辦預科班,學生學位全部由教育署委派,師資亦不斷提高。學校特別注重靈、智、體三育精神之全人教育,並繼續使之發揚光大,為社會培育人才,為基督培訓精兵,在現今社會風氣日益敗壞之下,幫助青少年人尋找正確之人生路向,發揮校訓「學習行善」之目標。